Projets de la plateforme

Le projet ANTHoS (Annotation Toolkit for Herbarium Specimens) permet la visualisation des planches d'herbier numérisées à très haute résolution, et rend accessible des collections accumulées depuis plus de 300 ans, et, jusque là inconnues du public.

Le projet ANTHoScan est né de la nécessité de fournir un scanner inversé permettant de traiter en haute résolution des planches d’herbier fragiles pour alimenter le projet ANTHoS. Ce projet a abouti à la modification minime d’un scanner Epson Expression 10000XL destiné au départ aux arts graphiques. D’autres études sont en cours pour fournir un statif pour le scanner, pratique et compact pour la numérisation.

FigureJ, module pour ImageJ, permet de créer des figures d'article avec un lien vers les données originales et l'historique de leur traitement.

Mise en oeuvre et hébergement du serveur de fichiers et de sauvegarde pour un des partenaires dans une salle sécurisée.

MiRNAute est un prototype d'application Web permettant le stockage, l'annotation et l'analyse de banques de petits ARN. Les petits ARNs de différentes espèces (Arabidopsis thaliana, Homo sapiens, Mus musculus, Lotus japonicus) sont criblés par des techniques de séquençage haut débit (454, Solexa/Illumina). Cette application permet d'annoter les banques, de stocker les résultats dans une base de données et d'interroger et analyser les données.

Plantiquette est une application de gestion de commandes de plantes pour culture. Les utilisateurs peuvent plannifier leurs cultures et réserver des lieux de culture en fonction de leurs besoins (luminosité souhaitée, type d'expérience, ... ). L'application propose également un système de validation par les serristes, de consultation des anciennes commandes, de retour statistique ainsi qu'une interface d'impression spécifique.

La base de données PlantRNA compile des séquences de gènes d'ARNt issues de génômes annotés de plantes (nucléaire, chloroplastique et mitochondrial).
Les données de la base sont consultables à travers une application web dédiée.

Protein Factory est un jeu dont l'objectif est de construire une protéine à partir d'une séquence d'ADN. Le jeu est composé de 2 parties, la transcription et la traduction, avec différents modes de jeu.